Datové schránky můžete ovládat přes standardní webové rozhraní. Přihlásíte se do schránky, přečtete si zprávu, můžete si ji i uložit. Máte-li více schránek, pak se odhlásíte a připojíte se do jiné. Vyhledávání ve zprávách je obtížné. Navíc zprávy po 90ti dnech jsou ze schránek mazány. Přeposílání a jiné další úkony v rámci datových schránek není jednoduché.

Pokud s datovými zprávami chcete pracovat pohodlně jako s emaily, případně máte zpráv mnoho nebo chcete zajistit elektronický oběh zpráv po firmě, nezbyde vám než:

• využít software, který práci s datovými schrámkami podporuje,
• pořídit speciální software.